La Pontificia Universidad Católica de Chile (PUC) fue fundada el 21 de junio de 1888, mediante un decreto del Arzobispado de Santiago. Su primer rector fue Monseñor Joaquín Larraín Gandarillas. En un principio la Universidad Católica contaba sólo con dos cursos: Leyes y Matemáticas. Sin embargo, con el paso de los años, las salas de clases se fueron llenando de estudiantes y las escuelas y facultades comenzaron a multiplicarse.

En los inicios de la década de los años 20, el rector de ese entonces, Monseñor Carlos Casanueva Opazo, decidió impartir cursos de Contabilidad motivado por responder a la pregunta: ¿Por qué los jefes y las casas comerciales de mayor importancia en Chile son, en su mayoría, extranjeros?     

Gracias a esa inquietud, en 1924, Monseñor Casanueva fundó la Facultad de Comercio, rebautizada como la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas. La creación de esta facultad permitió que Chile contase con profesionales de sólida formación académica, constituyéndose como un verdadero aporte para la economía.

En la década del '50 ocurrieron dos sucesos importantes. Primero, el rector Monseñor Alfredo Silva Santiago y el decano de la facultad, Julio Chaná Cariola, firmaron un convenio con la Universidad de Chicago, establecimiento que poseía uno de los mejores departamentos de economía de los Estados Unidos. El propósito de este acuerdo era mejorar los programas de enseñanza e investigación en materia económica, así como también formar profesionales influyentes en la política, el desarrollo y la economía de Chile. 

En esa misma década se fundó el Instituto de Investigaciones Económicas y Sociales, que tuvo a Don Ramón Venegas como primer director y que hasta el día de hoy funciona bajo el alero de la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas.

En 1972 se creó el Instituto de Economía. En un principio, su composición fue marcada por múltiples transformaciones que ocurrieron como consecuencia de los cambios por los cuales atravesaba el país.

Ese mismo año, el Instituto  instauró su programa de Magíster en Economía con el apoyo de la Fundación Ford, y con el propósito de entregar una sólida formación en teoría económica y análisis de problemas aplicados con especial énfasis en las economías de desarrollo.

Años más tarde, en el 2002, se creó el Doctorado en Economía, para entregar una formación de excelencia y preparar académicos de alto nivel que logren desempeñarse en actividades de docencia e investigación en universidades y centros de estudio.

Ambos Programas están acreditados por la CONAP y cuentan con prestigio y reconocimiento nacional e internacional.

Actualmente, el director del Instituto es José Miguel Sánchez, quien ocupa el cargo desde el año 2009.